肛周脓肿极大的危害就是会直接导致肛瘘产生。这个肛周脓肿腺体发炎，导致肛门病变部位增大有关。肛周脓肿破溃后，流脓，影响肛门清洁。形成各种复杂性疾病，包括马蹄形脓肿及其他真菌性脓肿，特异性脓肿。这些肛周脓肿并发症都会引发各种肛瘘产生。

肛周脓肿另外一个危害就是会导致各种炎症。例如：毛囊炎、化脓性汗性炎、骶尾骨骨桔核等。其中肛周主要是由于化脓性感染导致的。